В 1648 г. Джон Батист фон Гельмонт заложил один из первых эффектных экспериментов по физиологии растений. Он посадил иву в горшке, определив предварительно вес деревца и земли. В начале опыта ива весила 5 фунтов, а земля (сухая) – 200 фунтов. Опыт длился 5 лет, в течение которых иву просто поливали водой. По окончании опыта дерево и земля вновь были взвешены. Выяснилось, что вес ивы увеличился на 100 фунтов и 9 унций, а вес почвы уменьшился только на 2 унции. Фон Гельмонт сделал вывод, что питательные вещества, использованные ивой для роста, находились в воде.
В 1665 г. Роберт Гук, рассматривая под микроскопом срез пробки дуба, впервые обнаружил, что растительные ткани состоят из клеток. А в 1671 г. Марчелло Мальпиги опубликовал труд, в котором рассматривалась анатомия растений и были приведены первые сведения о строении клетки. Еще пятью годами позже, в 1676 г., Антони ван Левенгук сообщает в Лондонское королевское общество, что в воде с перцем он обнаружил под микроском множество мелких животных. Исследуя перечную воду под микроскопом, он надеялся найти вещества, придающие перцу острый вкус.
В 1686 г. Джон Рэй в своей книге Historia plantarum подробно рассмотрел известные к тому времени сведения о физиологии и морфологии растений и привел первую научную классификацию растений мировой флоры, используя их морфологические признаки. Приведенное им определение вида выглядит вполне современно: «Каждый вид дает потомство того же вида, обладает специфическими морфологическими характеристиками и обитает в сходных условиях».
В 1693 г. Ганс Слоан в Каталоге растений Ямайки упоминает грейпфрут. Предполагается, что он был выведен на этом острове целенаправленно или случайно как гибрид между разными цитрусовыми. Довольно долгое время грейпфрут оставался известным только на своей родине.
В 1694 г. Рудольф Камерер проводил работы по изучению генеративного размножения у растений. Во время опытов он удалял с участка цветущие растения или их генеративные органы в разных комбинациях и заключил, что пыльца необходима для оплодотворения яйцеклетки, из которой развивается плод. Надо заметить, однако, что упомянутый ранее Джон Рэй в своей монографии, вышедшей 8-ю годами раньше, также писал: «По нашему мнению, пыльца аналогична сперме животных».
